古書《和漢三才圖會》記載：『納豆自中國秦漢以來開始製作。』始於中國的豆豉，日本也曾稱納豆為「豉」，平城京出土的木簡中也有「豉」宇。由於豆豉在僧家寺院的納所製造後放入甕桶貯藏，後由禪僧從中國傳播到日本寺廟，所以納豆首先在寺廟得到發展，是以亦稱「唐納豆」或「鹹納豆」。隨後依當地環境發展出納豆，如日本不用豆豉而用大醬，或用醬油不用豉汁。在日本更基於各地區特色，傳承出諸如大龍寺納豆、大德寺納豆、一休納豆、大福寺的濱名納豆、悟真寺的八橋納豆等等地方特產。
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製作方式
傳統製法將蒸熟的黃豆用稻草包裹起來，稻草浸泡在100度的沸水中以殺菌消毒，並保持在攝氏40度放置一日，稻草上常見的枯草桿菌（納豆菌）因可產生芽孢而耐熱度高，殺菌過程不受破壞，高溫培養速度快也能抑制其他菌種，並使黃豆發酵後產生黏稠的絲狀物，這種黏稠外觀主要來自成分中的穀氨酸，被認為是納豆美味的來源。
二十世紀後期高品質稻草取得不易，多已改用保麗龍或紙製容器盛裝販售。因此現代的製作方式，是利用蒸過的黃豆加上人工培養出的納豆菌混合後，直接放在容器中使之發酵，黃豆以外之某些食品亦能製成納豆。
而製作清酒時，原料的米中若不慎受納豆菌沾染，以其快速的繁殖速度，將抑制釀酒所需的酵母菌。釀清酒處所不可出現納豆，其他發酵食品可能也有類似情況，製程需多加留意。
納豆菌屬於弱酸性，會阻礙乳酸菌製造的乳酸。在技術上已經開發出氣味較弱的納豆，但由於使用了活發性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的增殖空間。此外，納豆菌的天敵是會寄生在細菌上的噬菌體病毒，在噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活動力，並可能造成其他細菌開始繁殖，因此應避免食用超過保存期限的納豆。
食用方式
傳統上先將納豆加上醬油或日式芥末（一般在百貨所賣的盒裝納豆，使用的是日式淡醬油還有黃芥末），攪拌至絲狀物出現，置於白飯上食用，是為納豆飯。也有人將納豆和生雞蛋、蔥、茗荷、蘿蔔、柴魚等各種食材一起混合。在北海道、東北地方有時也將納豆和砂糖混合。亦有加上美乃滋的創意吃法。若未經攪拌便加入醬料會使水分過多，粘性也會有所消減，蔥和芥末則能抑制「納豆氨」刺鼻的氣味。不習慣吃納豆者則以為是腐壞的水煮黃豆。
自己動手做
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- 使用器皿和材料
- 蒸大豆
- 接種納豆菌
- 在恆溫下發酵14—15小時
- 後熟
- 納豆菌的保存
- 製作關鍵
- 注意事項
- 科學的食用方法
- 納豆的最佳科學組合：
- 怎樣提高納豆的保健效果
- 在什麼地方可以買到納豆菌
①大豆500g
②納豆菌 0.3g或納豆半盒（25g）
③高壓鍋
④不銹鋼盆
⑤保麗龍飯盒等淺容器
⑥保麗龍箱
⑦2立升長方形塑膠瓶子或暖水袋
⑧溫度計
大豆充分洗淨後，加入3倍量的水浸泡一夜後，倒掉水放進高壓鍋內蒸到大豆可以用手捏碎的程度，大約45分鍾。如沒有高壓鍋煮也行，但煮時水一次不要放得太多。為了保持大豆的原汁原味，最好是用蒸的。
納豆菌在適宜的溫度下，30分鍾就能增殖2倍左右。所以500g乾大豆，納豆菌的使用量只需 0.3g。把它用50ml熱水溶解後，均勻地加入到熱大豆中，迅速攪拌均勻，分裝在7個保麗龍飯盒裡，厚度大約2cm，上面覆上紗布或者在飯盒與飯盒蓋之間架上一雙筷子，使其充分接觸空氣。因納豆菌是嗜氧菌，接觸空氣是很重要的。但發酵好以後，要蓋好蓋，用膠帶封住口。如用納豆製做，則選擇自己喜歡吃的那種商標的大豆，把它冷凍起來，做為菌種使用。500g乾大豆，其納豆菌的使用量為半盒（一盒50g）。把它加入到熱的大豆中，方法同上。
在乾淨的大保麗龍箱內放入幾瓶裝滿50℃熱水的長方形塑膠瓶子，把已接種上納豆菌的保麗龍飯盒擺在瓶子上。箱內理想溫度是42℃。如箱內溫度降到37℃時，瓶內重新換入50℃的熱水。如此反覆更換瓶內熱水，發酵14—15小時，大豆表面產生了白膜，有粘絲出現後，大豆就變成了納豆。蓋緊蓋子，放入冰箱冷藏室低溫保存。（要注意溫度不可超過 70℃）
如沒有保麗龍箱，也可使用大紙盒，四周包上棉被和電暖被，或者箱內插入一隻45℃的電燈泡等方法來保持箱內恆溫。注意多接觸空氣。
在40℃—42℃的恆溫下發酵14—15小時，然後放在冰箱內低溫熟成數小時後，做好的納豆無論是外觀還是口感都會更好。因此建議納豆做好後，先放入冰箱內低溫熟成數小時以後再食用。
粉末納豆菌因處於孢子狀態特別穩定，只要放在陰涼乾燥處就能長期保存。但開封后一定要放在冰箱內低溫保存。
①注意保持40℃—42℃的恆溫。
②納豆菌要接種到熱熱的大豆中。
心血管疾病患者在服用血液凝固阻止劑新香豆素時，維他命K2能使新香豆素失去藥效，所以不要食用納豆。
納豆雖然有很高的藥用價值，但因它特有的臭味及粘絲，使一部分人對它敬而遠之。那麼怎樣吃，臭味消失粘絲減少呢？對於討厭納豆臭味的人，可以用一些香味大的食品如：圓蔥、大蔥、蝦皮、小魚等來中和納豆的臭味，同時還能提高抗酸化能力。討厭納豆粘絲的人，可以把納豆加水稀釋1—2倍後，再加入醬油等調料一起吃。還可以把納豆切碎後，加入到涼湯中一起喝。
1．納豆＋圓蔥
2．納豆＋大白蘿蔔末
3．納豆＋朝鮮辣白菜
4．納豆＋生蛋黃
5．納豆＋海帶
6．納豆＋芝麻＋蜂蜜
1．晚餐吃納豆效果最好。
通過實驗，須見洋行教授認為：食用納豆1小時至12小時之間納豆激酶發揮溶解血栓的功能。而據統計腦梗塞、心肌梗塞等各種血栓病，發病時間多為清晨及星期一。因此每晚或星期日晚餐吃效果最好。
2．儘可能不加熱吃。
納豆激酶不耐熱，加熱到70℃活性就消失了。所以生吃效果最好。
3．必須堅持每天吃。
納豆激酶進入體內後，其活性維持半天左右。所以儘可能每天吃30g，100g最理想。
4．保質期稍過也能吃。
納豆的保質期為一週，它在冰箱內低溫保存過程中，還在進行著緩慢的低溫熟成發酵，納豆激酶和維他命K2也在不斷增加。但保質期過後雖然也能吃，只是納豆菌為了生存不斷分解蛋白質，其結果臭味逐漸增加。
納豆（natto），學名枯草菌。它是煮熟的大豆與稻草偶然接觸而產生的。日本傳統的做法是把煮熟的大豆趁熱裝在用稻草做成的器皿裡，利用稻草上附著的納豆菌自然發酵而做成的。用這種方法做成的納豆中，除了納豆菌以外，還含有其他雜菌，不僅衛生不過關，而且品質也不好。
